Johannes Maria Bogner studierte bei Liselotte Brändle, Kenneth Gilbert, Nikolaus Harnoncourt und Arthur Haas. Meisterkurse besuchte er bei Leonhardt, Koopman und van Asperen. Als Solist und Kammermusiker konzertierte er mit Ensembles wie Camerata Salzburg, Musica Antiqua Köln und Les Musiciens du Louvre in Europa, USA, Kanada und Israel. Er nahm französische Cembalomusik des 18. Jh., Scarlatti- und Froberger-Werke auf und war 20 Jahre Cembalist des L’Orfeo Baroque Orchestra. Lehrtätigkeiten führten ihn ans Mozarteum Salzburg und die Universität für Musik Wien.